미생물이다 대장균이다 바이러스다 하면서 미생물하면 건강에 해롭고 가축에 치명적이고 세균감염이다 하면서 사람에게도 치명적인 것처럼 해로운 병원균만 많이 떠올려왔고 그래서 미생물하면 더럽고 위험하다는 인식을 가져왔던 것이 사실일 것이다. 그러나 우리가 먹고 있는 발효음식 등에 있는 각종 유산균 등 우리 몸에 매우 없어서는 안 될 이로운 미생물이 아주 많이 있다.

학자들도 지구상에 있는 미생물 중에 현대 과학이 분리 배양하고 있는 미생물은 1%미만이라고 추정하고 있을 정도이다. 그래서 발효와 미생물에 대하여 새로 발굴하고 연구해야 할 알지 못하는 분야가 많이 남아있다. 미생물 역사는 미생물의 순수배양은 파스퇴르에 의하여 가능했으며 150여 년의 역사가 모두일 것이다.

미생물에는 원핵미생물과 진핵미생물이 있는데 원핵미생물은 핵산을 둘러싼 핵막이 없고, 핵산이 세포질 내에 존재하는 것으로 대부분 단세포로 되어있고 원핵 미생물은 세균(남조류 포함: 엽록소를 갖고 광합성을 하는 세균), 고세균 등이 포함된다. 막으로 둘러싸인 핵을 가진 진핵미생물에는 곰팡이와 효모 등이 해당된다.

대표적인 미생물세균은 모양에 따라 구균, 간균, 나선균 등으로 구분되며 그람염새반응에 따라 양성균과 음성균으로 나뉠 수 있다. 또한 산소요구에 따라 호기성균(산소가 필요한 것), 협기성균(산소가 필요 없는 것)으로 발효효소에 있어서 알코올발효 식초발효, 와인 등 세균은 제품에 승, 패를 결정하는 역할을 하고 우리 일상과 밀접한 관계를 갖고 있다.

인간의 질병이 병원성 미생물과 관련되고 이런 병원성세균을 퇴치하기 위해 강하고 좋은 미생물을 기능성이 뛰어난 산야초 등에서 증식하여 활용하기 위한 연구가 꾸준하게 연구되어야 한다. 오래전부터 서양에서는 유산균이라는 세균을 이용하여 치즈, 요구르트 등 발효식품을 동양에서는 나라마다 더욱 다양하게 발효식품을 먹어왔고 우리나라의 대표 발효식품인 염장, 당장 발효식품인 김치와 된장 젓갈 등 유산균이 작용하면서 일어나는 것이다. 이외에도 항생물질, 비타민 등 유용물질을 생산하는데 폐수처리와 환경오염의 생물학적 복원에도 세균을 이용하고 있다.

대장균은 가장 널리 이용되는 세균자원인데 대장균이 갖고 있는 플라스미드라는 원형 DNA를 이용한 유전자 재조합 기술에 유용한 물질, 또한 뿌리혹박테리아와 같이 식물과 공생하는 세균도 있다. 또한 세균의 유기물 분해 능력은 지구상의 모든 물질순환에 중요한 역할을 하며 식물광합성을 하는 세균도 있다.

호염성세균이 고세균은 핵이 없는 원핵 미생물이지만 일반세균과는 많은 차이점이 있다. 고세균은 높은 온도, 높은 압력, 높은 염도 등 극한 환경에서 잘 자라고, 메탄생산 등 아주 오래전 지구와 유사한 환경에서 자라는 종류가 있다. 때문에 고세균 이라는 이름을 갖게 되었다. 극한 환경에서도 서식하는 성질이 있어 특이적 활성을 보이는 효소를 가지고 있다.

효소를 이용하여 바이오에너지, 환경정화, 식품 및 제약산업 등 다양한 분야에 활용하려는 연구노력이 커지고 있다. 요즘 많은 연구대상이 되고 높은 온도에서도 자랄 수 있는 미생물 균에 대하여 많은 학자들이 연구하고 있는 것이다. 그리고 요즘은 염류효소의 미생물에 대하여 관심이 많고 적용해야 할 것이 너무 많다.

진핵미생물인 효모(yeast)는 우리에게는 전통발효식품인 막걸리와 같은 주류발효의 주균으로 많이 알려져 있다. 효모는 가장 단순한 형태의 진핵미생물로서 인간의 세포와 비슷한 면을 보여주고 있는데 이 때문에 진핵생물에서 DNA복제, 세포분화 등 다양한 연구가 효모를 이용하여 이루어져 왔다. 우리의 삶을 윤택하게 활용되는 미생물은 병원균 또는 유익 균의 양면을 가지고 우리 삶과 깊숙이 관련되어 있다.

발효에 가장 중요한 것은 이러한 유익한 미생물이 잘 자랄 수 있도록 조건과 환경을 맞추는 것이 기능성식품의 가장 효능이 좋은 것을 만들 수 있는 것이다. 현 시대는 한방에서도 발효한방시대로 변하고 있다.